[ffmpeg]動画から音声を抜き出すとは逆に、音声なし動画ファイルと音声ファイルをまとめて、一つの動画ファイルにしてみます。
Hoge.mpeg が音声なし動画ファイル
Hoge.mp3 が音声ファイルとすると
> ffmpeg -i ./Hoge.mpeg -i Hoge.mp3 -vcodec copy -acodec copy Hoge2.mpeg
と、案外簡単にできてしまいます。
-i オフションを二つ重ねて入力ファイルを二つ設定した後に、
コーデックの設定やらをいじるだけでよいようです。